Τα μηνύματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου θεωρούνται ευαίσθητα δεδομένα σε κάθε οργανισμό. Ως εκ τούτου, είναι ζωτικής σημασίας η προστασία του διακομιστή ηλεκτρονικού ταχυδρομείου από επιθέσεις και άλλες κακόβουλες δραστηριότητες.

Εκτός από το περιεχόμενο του ηλεκτρονικού ταχυδρομείου, σημαντικά είναι και τα μεταδεδομένα που παράγονται κατά την καθημερινή επικοινωνία - δηλαδή οι πληροφορίες που παράγονται και ανταλλάσσονται από το λογισμικό και τις συσκευές που χρησιμοποιούνται για την αποστολή και τη λήψη ηλεκτρονικών μηνυμάτων. Για τους επιτιθέμενους, τα μεταδεδομένα είναι συχνά πιο σημαντικά από το ίδιο το περιεχόμενο της επικοινωνίας, επειδή μεταφέρουν ακριβείς πληροφορίες σχετικά με το ψηφιακό πλαίσιο της επικοινωνίας. Τα μεταδεδομένα αποθηκεύονται στον διακομιστή αλληλογραφίας, οπότε η προστασία τους είναι συγκεκριμένη. Το βασικό βήμα προς αυτή την κατεύθυνση είναι ο αποκλεισμός όλων των πρωτοκόλλων (π.χ. FTP ή HTTP) που ο διακομιστής δεν χρειάζεται για την εκτέλεση της κύριας λειτουργίας του, δηλαδή τη λήψη και αποστολή μηνυμάτων ηλεκτρονικού ταχυδρομείου. Ένας αποκλειστικός διακομιστής μπορεί να ενοικιαστεί ως μέρος ενός πακέτου φιλοξενίας ή άλλων υπηρεσιών ή ένας οργανισμός μπορεί να αγοράσει έναν διακομιστή με ειδικό λογισμικό. Ένα παράδειγμα τέτοιου λογισμικού είναι το iRedMail.

Εναλλακτικά, οι οργανισμοί μπορούν να μεταβούν στη λύση κρυπτογραφημένου ηλεκτρονικού ταχυδρομείου Proton for Business, η οποία προσφέρει ειδικές τιμές για μη κερδοσκοπικούς οργανισμούς.