Mejlovi se smatraju osetljivim podacima u svakoj organizaciji. Zato je ključno zaštititi mejl server od napada i drugih zlonamernih aktivnosti.

Pored sadržaja mejla, takođe su važni metapodaci koji se generišu u svakodnevnoj komunikaciji - to su informacije koje stvaraju i razmenjuju softveri i uređaji koji se koriste za slanje i primanje mejlova. Za napadače su metapodaci često važniji od sadržaja poruke, jer nose precizne informacije o digitalnom kontekstu komunikacije. Metapodaci se skladište na mejl serveru, pa je njihova zaštita specifična. Osnovni korak u tom smislu je blokiranje svih protokola (na primer, FTP ili HTTP) koji serveru nisu potrebni za obavljanje primarne funkcije kao što su slanje i primanje mejlova. Server određen za tu svrhu može se iznajmiti u okviru hosting paketa ili drugih usluga, a organizacija može i da kupi server sa posebnim softverom. Primer takvog softvera je iRedMail.

Alternativno, organizacije mogu da se prebace na Proton for Business, enkriptovanu mejl soluciju sa posebnim cenovnikom za neprofitne organizacije.